Sannsynligvis var Heli kirke aller først en privat kirke eller ”lovkirke” med egen prest. Katolsk tankegods holdt seg lenge i Heli, og kirken holdt på å bli revet etter reformasjonen.Det ble bygget ny tømmerkirke i 1663, som holdt stand i nesten 200 år. Den neste kirken ble bygd i 1863. Den brant ned til grunnen etter lynnedslag i 1996.
Ny kirke ble reist med den gamle som modell i 2001.